Возможен ли возврат подоходного налога после получения свидетельства о собственности и регистрации как индивидуальный предприниматель?

Согласно Налоговому Кодексу РФ начать использовать имущественный вычет при покупке квартиры можно с того момента, когда возникло право на него. Таким образом, вернуть налог Вы можете только начиная с 2013 года.

Регистрация ИП и право на получения имущественного вычета никак не связаны.

То что вы зарегистрировались ИП не отменяет вашего права на имущественный вычет по НДФЛ предусмотренный пп. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ. В НК РФ нет положений о том, что ИП не положен данный вычет, для возврата важно чтобы НДФЛ платился по ставке 13 % (п. 1 ст. 220 и п. 3 ст. 210, п. 1 ст. 224 НК РФ). Если вы на УСН, ЕНВД или патенте, то НДФЛ не платите.

Получить вычет по НДФЛ за предшествующие три года вы не сможете.

Момент возникновения права на вычет в данном случае не дата понесения расходов на строительство дома, а дата регистрации права собственности на дом – 2013 г.

Не смотря на то что при буквальном прочтении пп. 2 п. 1 с. 220 НК РФ не должно возникать трудностей с пониманием этого момента имеются многочисленные разъяснения Минфина РФ например Письмо Минфина России от 09.08.2013 N 03-04-05/32307 в котором сказано

«Для подтверждения права на имущественный налоговый вычет налогоплательщик представляет при строительстве или приобретении жилого дома или доли (долей) в нем документы, подтверждающие право собственности на жилой дом или долю (доли) в нем.

Имущественные налоговые вычеты, предусмотренные пп. 2 п. 1 ст. 220 Кодекса, предоставляются за тот налоговый период, в котором возникло право на их получение, или в последующие налоговые периоды вне зависимости от периода, когда налогоплательщик нес расходы по приобретению вышеуказанного имущества».

Получение вычета за предшествующие налоговые периоды возможно только для неработающих пенсионеров. Вам вычет в случае если не будет использован полностью за 2013 г. будет перенесен на последующие налоговые периоды (последние два абзаца пп. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ и ч. 3 п. 3 ст. 210 НК РФ).