За что налоговая может отказать в регистрации ООО с одним учредителем?

В отказе долны быть указаны правовые основания, обжалуйте в суд при несогласии с отказом.

ФЗ №129-ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей"

Статья 23. Отказ в государственной регистрации

1. Отказ в государственной регистрации допускается в случае:

а) непредставления заявителем определенных настоящим Федеральным законом необходимых для государственной регистрации документов, за исключением предусмотренных настоящим Федеральным законом и иными федеральными законами случаев предоставления таких документов (содержащихся в них сведений) по межведомственному запросу регистрирующего органа или органа, который в соответствии с настоящим Федеральным законом или федеральными законами, устанавливающими специальный порядок регистрации отдельных видов юридических лиц, уполномочен принимать решение о государственной регистрации юридического лица;

б) представления документов в ненадлежащий регистрирующий орган;

в) предусмотренном пунктом 3 статьи 13.1, пунктом 2 статьи 20 или пунктом 4 статьи 22.1 настоящего Федерального закона;

г) несоблюдения нотариальной формы представляемых документов в случаях, если такая форма обязательна в соответствии с федеральными законами;

д) подписания неуполномоченным лицом заявления о государственной регистрации или заявления о внесении изменений в сведения о юридическом лице, содержащиеся в едином государственном реестре юридических лиц;

е) выхода участников общества с ограниченной ответственностью из общества, в результате которого в обществе не остается ни одного участника, а также выхода единственного участника общества с ограниченной ответственностью из общества;

ж) несоответствия наименования юридического лица требованиям федерального закона;

з) наличия сведений о невыполнении требований, предусмотренных подпунктом "ж" пункта 1 статьи 14, подпунктом "г" пункта 1 статьи 21, подпунктом "в" пункта 1 статьи 22.3 настоящего Федерального закона;

и) получения в соответствии с подпунктом "в" статьи 21.2 настоящего Федерального закона от федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним, информации об отсутствии сведений, подтверждающих государственную регистрацию перехода права собственности на имущественный комплекс унитарного предприятия или на имущество учреждения, если документ, подтверждающий государственную регистрацию перехода права собственности на имущественный комплекс унитарного предприятия или на имущество учреждения, не представлен заявителем по собственной инициативе;

к) несоответствия сведений о документе, удостоверяющем личность гражданина Российской Федерации, указанных в заявлении о государственной регистрации, сведениям, полученным регистрирующим органом от органов, осуществляющих выдачу или замену таких документов;

л) получения регистрирующим органом возражения физического лица относительно предстоящего внесения данных о нем в единый государственный реестр юридических лиц;

м) если в течение срока, установленного для государственной регистрации, но до внесения записи в соответствующий государственный реестр или принятия решения об отказе в государственной регистрации в регистрирующий орган поступит судебный акт или акт судебного пристава-исполнителя, содержащие запрет на совершение регистрирующим органом определенных регистрационных действий;

н) если физическое лицо - учредитель (участник) юридического лица, являющегося коммерческой организацией, или физическое лицо, регистрируемое в качестве индивидуального предпринимателя, на основании вступившего в силу приговора суда лишено права заниматься предпринимательской деятельностью на определенный срок и такой срок не истек;

о) если лицом, имеющим право без доверенности действовать от имени юридического лица (в том числе от имени управляющей организации), является физическое лицо, в отношении которого имеется вступившее в силу постановление по делу об административном правонарушении, в соответствии с которым указанному лицу назначено административное наказание в виде дисквалификации, и срок, на который она установлена, не истек;

п) если в отношении индивидуального предпринимателя, являющегося управляющим юридического лица, имеется вступившее в силу постановление по делу об административном правонарушении, в соответствии с которым указанному лицу назначено административное наказание в виде дисквалификации, и срок, на который она установлена, не истек;

р) при наличии у регистрирующего органа подтвержденной информации о недостоверности содержащихся в представленных в регистрирующий орган документах сведений, предусмотренных подпунктом "в" пункта 1 статьи 5 настоящего Федерального закона.

Оснований немного, а вот поводов - достаточно - самое распространенное - это несоответствие сведений, указываемых в заявлении о государственной регистрации.