Трудоустройства.Деньг инадо было возвращать,а не из чего я начал продавать одежду по товарным чекам,получая выручку

Добрый день.Работаю 4 года в компании занимающейся розничной продажей одежды.Работаю продавцом консультантом и админом по совместительству,устроен неофициально лишь подписан трудовой договор в котором указаны мои паспортные данные перечислены мои обязанности и ответственность за сохранение товара.У нас в магазине нет инкассации,всю наличность из кассы я сам сдаю в банк(кладу на р.сч).Произошел неприятный случай,очередной раз когда необходимо было сдавать кассу у меня украли деньги.Мне пришлось взять необходимые деньги в долг у микрофинансовых компаний,кредит в банке не дали по причине неофиц. трудоустройства.Деньг инадо было возвращать,а не из чего я начал продавать одежду по товарным чекам,получая выручку от продаж я гасил этими деньгами долг в МФО.Соответственно на работе образовалась недостача товара,которуя я планировал постепенно из зарплат погасить.Начальство у нас в другом городе контроль не производило,но так получилось что они приехали внезапно,произвели учет товара,я честно описал ситуацию написал все им в объяснительной и мы с ними составили график погашения задолженности(путем вычета из з.п) скажите,правильно ли они мне выставили сумму долга(по цене в рознице)хотя я многие вещи продавал со скидкой,т.е по меньшей стоимости?На данный момент 70% долга я уже им выплатил и хочу уйти с этого места работы,графика выплаты задолженности собираюсь придерживаться,осталось 2 платежа.Но директора говорят если уйдешь то подадим заявление в милицию.Какие могут быть для меня последствия?