Распостраняется ли ФЗ №94 на автономные учреждения?

В общем случае распространяется. Просто надо смотреть, соответствует ли это виду деятельности автономного учреждения.

Федеральный закон от 21 июля 2005 г. N 94-ФЗ

"О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд"

(с изменениями от 31 декабря 2005 г., 27 июля 2006 г.)

"Статья 8. Участники размещения заказов

1. Участниками размещения заказов являются лица, претендующие на заключение государственного или муниципального контракта. Участником размещения заказа может быть любое юридическое лицо независимо от организационно-правовой формы, формы собственности, места нахождения и места происхождения капитала или любое физическое лицо, в том числе индивидуальный предприниматель.

2. Участие в размещении заказов может быть ограничено только в случаях, предусмотренных настоящим Федеральным законом и иными федеральными законами".

Федеральный закон от 3 ноября 2006 г. N 174-ФЗ

"Об автономных учреждениях"

"Статья 4. Виды деятельности автономного учреждения

6. Кроме указанных в части 2 настоящей статьи заданий учредителя и обязательств автономное учреждение по своему усмотрению вправе выполнять работы, оказывать услуги, относящиеся к его основной деятельности, для граждан и юридических лиц за плату и на одинаковых при оказании однородных услуг условиях в порядке, установленном федеральными законами.

7. Автономное учреждение вправе осуществлять иные виды деятельности лишь постольку, поскольку это служит достижению целей, ради которых оно создано, при условии, что такие виды деятельности указаны в его уставе".