Судебное заседание по делу о штрафе в 40000 руб. для организации за нарушения при увольнении работника - есть ли шанс на выигрыш?

30 ноября 2013 г. был уволен работник (с нарушениями по мнению ТРУДОВОЙ ИНСПЕКЦИИ), а именно:

1. В нарушении ч.5 ст 84.1 ТК РФ основание прекращения трудового договора не содержит ссылку на соответствующую часть статьи ТК РФ;

2. В нарушении абз. 7 ч.2 ст.22 ТК РФ, ч.1 ст.140 ТК РФ при прекращении трудового договора работника с работодателем не произведена выплата всех сумм, причитающихся работнику в день увольнения.

3. В нарушении ст. 236 ТК РФ денежная компенсация за задержку выплаты сумм, причитающихся при увольнении в размере не ниже 1/300 ставки рефинансирования Центрального банка РФ за каждый день задержки начиная со следующего дня после установленного срока выплаты по день фактического расчета включительно.

Да, своевременно выплаты произведены небыли (т.к. маленькая бюджетная организация) задержка получилась в 21 день. Но в декабре 2013 г. все причитающиеся выплаты были произведены.

Проверка трудовой инспекции происходила 20 июня 2014 года (намного позже событий), в ходе которой был выявлен данный факт. Был составлен АКТ; ПРОТОКОЛ; вынесено постановление о привлечении нашей организации по ч.1 ст.5.27 КоАП РФ с назначением наказания в виде штрафа в размере 40000 руб. Организацией в суд была подана жалоба по данному вопросу, так как на момент проверки все нарушения по данному факту были исправлены.

ВОПРОС: Есть ли шанс у организации выиграть судебное заседание и не платить штраф в 40000 руб. так как сумма для нас значительная. И если да, то подскажите пожалуйста чем и как апеллировать на суде. Документы о произведенных выплатах в декабре 2013 г. имеются.