Как подать надзорную жалобу, когда приговор уже вынесен и нарушены множество статей, не учтенных судом?

К сожалению, но согласно УПК РФ пропущены сроки для подачи надзорной жалобы.

Приговоры вынесенные до 1 января 2013 года могли быть обжалованы в порядке надзора только до 01 января 2014 года. К сожалению эти ограничения для приговоров вынесенных до 01 января 2013 года вступили в силу 1 августа 2013 года. То есть по сути, огромное количество людей, желающих обжаловать приговор ограничили 5 месяцами, так как ранее таких ограничений (имею в виду УПК в прежней редакции) не существовало. Согласна, что ФЗ ограничивающий сроки обжалования не соответствует Конституции РФ. В Вашем случае вариантов мало. Это попытаться восстановить сроки для обжалования, для этого надо подать заявление о восстановлении срока в суд, который выносил приговор, в нем указать по каким уважительным причинам вы пропустили срок обжалования (находились в МЛС, где не имели реальной возможности знать о том, что вышел новый ФЗ, итд.) Если сроки восстановят, можете подать надзорку. Если не восстановят, имеете опять же право обжаловать это решение в вышестоящие инстанции и добиваться чтоб восстановили срок. Кроме того считаю следует написать в Конституционный суд. Но для грамотной реализации моих советов, я рекомендую нанять адвоката в вашем городе, и действуйте.