Какие комиссии банков являются не законными?

Могут быть признаны недействительными, например, условия кредитного договора о комиссии за снятие денежных средств, за ведение ссудного счета и т.д.

По этому поводу есть вполне конкретное разъяснение со стороны Президиума Высшего Арбитражного Суда, которое было дано в Информационном письме от 13.09.2011 №147. Там в частности сказано:

...4. Банк имеет право на получение отдельного вознаграждения (комиссии) наряду с процентами за пользование кредитом в том случае, если оно установлено за оказание самостоятельной услуги клиенту. В остальных случаях суд оценивает, могут ли указанные комиссии быть отнесены к плате за пользование кредитом.

... Иные же комиссии (комиссия за рассмотрение кредитной заявки, за выдачу кредита) по условиям договора уплачиваются единовременно при выдаче кредита из денежных средств, подлежащих зачислению на счет заемщика, поэтому подлежат оценке судом на предмет того, взимаются ли они за совершение банком действий, которые являются самостоятельной услугой, создающей для заемщика какое-либо дополнительное благо или иной полезный эффект. Суд установил, что в рассматриваемом деле комиссии были предусмотрены за стандартные действия, без совершения которых банк не смог бы заключить и исполнить кредитный договор Такие условия договора являются ничтожными (статья 168 ГК РФ), а денежные суммы, уплаченные банку в их исполнение, подлежат возврату (пункт 2 статьи 167 ГК РФ).