Бухгалтер муниципального учреждения находится в ситуации с прокурорской проверкой и требованиями по доначислению зарплаты - Какие законы применять?

Я работаю бухгалтером в муниципальном бюджетном учреждении. Была прокурорская проверка, в ходе которой выявлено нарушение: размер начисленной заработной платы отдельных работников менее чем МРОТ+ северные+ районный коэффициент (5554+50%+15%). Требуют доначислить. Я обратилась за консультацией в министерство труда и занятости респ. Карелия, где мне разъяснили, что на территории республики действует Согласно Распоряжения Правительства Республики Карелия от 17.09.2012 № 566 р-П «О подписании Соглашения между Правительством Республики Карелия; ОО «Объединение организаций профсоюзов в Республике Карелия» и Союзом промышленников и предпринимателей (работодателей) Республики Карелия о минимальной заработной плате в Республике Карелия» размер минимальной заработной платы для работников, работающих на территории Республики Карелия, за исключением работников организаций, финансируемых из федерального бюджета: для работников государственных и муниципальных учреждений Республики Карелия: установлен размер минимальной заработной платы по Республике Карелия кроме северной части-5494 рубля, а с 1 февраля 2014 года действует Распоряжение Правительства РК от 07.02.2014 г. № 67 р-П, в которым установлен размер минимальной заработной платы для работников государственных и муниципальных учреждений Республики Карелия 5796 рублей (данная сумма включает в себя все виды начислений: оклад, стимулирующие и компенсационные выплаты, к которым и относятся районный коэффициент 15%, 50% северная надбавка).

Указала это в ответе на предписание прокурора, на что последовал телефонный звонок руководителю о том, что всё равно нужно произвести перерасчёт, так как работники могут обратиться в суд и выиграть. В случае перерасчёта на предприятие не будут наложены штрафы. Разъясните пожалуйста, какими законами пользоваться.