Как обезопасить себя при регистрации брака с подписанным, но неоплаченным договором ДДУ

Да, будет.

Статья 34.СК РФ Совместная собственность супругов

1. Имущество, нажитое супругами во время брака, является их совместной собственностью.

2. К имуществу, нажитому супругами во время брака (общему имуществу супругов), относятся доходы каждого из супругов от трудовой деятельности, предпринимательской деятельности и результатов интеллектуальной деятельности, полученные ими пенсии, пособия, а также иные денежные выплаты, не имеющие специального целевого назначения (суммы материальной помощи, суммы, выплаченные в возмещение ущерба в связи с утратой трудоспособности вследствие увечья либо иного повреждения здоровья, и другие). Общим имуществом супругов являются также приобретенные за счет общих доходов супругов движимые и недвижимые вещи, ценные бумаги, паи, вклады, доли в капитале, внесенные в кредитные учреждения или в иные коммерческие организации, и любое другое нажитое супругами в период брака имущество независимо от того, на имя кого из супругов оно приобретено либо на имя кого или кем из супругов внесены денежные средства.

Заключить брачный договор.

Оплаченная квартира и зарегистрированная в браке точно будет общим имуществом супругов, если вы не докажете письменными прямыми доказательствами, что это были добрачные деньги - например, были до брака на счету, оплачены хоть и в браке но со счета, на которые в браке уже не поступали деньги. Лучше заключить брачный договор или внести оплату до брака (и то спор может возникнуть в связи с регистрацией в браке)