Судебный протокол является доказательством отказа в заявлении о снижении неустойки и может быть основанием для отмены решения суда первой инстанции.

Это не основание для отмены решения. Его сомогут изменить. Протокол будет являться доказательством отказа.

Судья здесь неправ ходатайства можно заявлять до стадии-прения сторон

Согласно ст64 АПК РФ протокол будет являться доказательством.,а согласно ст270 АПК РФ указанное вами обстоятельство будет основанием для отмены

Статья 64. Доказательства

[Арбитражный процессуальный кодекс РФ] [Глава 7] [Статья 64]

1. Доказательствами по делу являются полученные в предусмотренном настоящим Кодексом и другими федеральными законами порядке сведения о фактах, на основании которых арбитражный суд устанавливает наличие или отсутствие обстоятельств, обосновывающих требования и возражения лиц, участвующих в деле, а также иные обстоятельства, имеющие значение для правильного рассмотрения дела.

2. В качестве доказательств допускаются письменные и вещественные доказательства, объяснения лиц, участвующих в деле, заключения экспертов, консультации специалистов, показания свидетелей, аудио- и видеозаписи, иные документы и материалы.

В качестве доказательств допускаются объяснения лиц, участвующих в деле, и иных участников арбитражного процесса, полученные путем использования систем видеоконференц-связи.

Статья 270. Основания для изменения или отмены решения арбитражного суда первой инстанции

1. Основаниями для изменения или отмены решения арбитражного суда первой инстанции являются:

1) неполное выяснение обстоятельств, имеющих значение для дела;

2) недоказанность имеющих значение для дела обстоятельств, которые суд считал установленными;

3) несоответствие выводов, изложенных в решении, обстоятельствам дела;

4) нарушение или неправильное применение норм материального права или норм процессуального права.

2. Неправильным применением норм материального права является:

1) неприменение закона, подлежащего применению;

2) применение закона, не подлежащего применению;

3) неправильное истолкование закона.

3. Нарушение или неправильное применение норм процессуального права является основанием для изменения или отмены решения арбитражного суда первой инстанции, если это нарушение привело или могло привести к принятию неправильного решения.

4. Основаниями для отмены решения арбитражного суда первой инстанции в любом случае являются:

1) рассмотрение дела арбитражным судом в незаконном составе;

2) рассмотрение дела в отсутствие кого-либо из участвующих в деле лиц, не извещенных надлежащим образом о времени и месте судебного заседания;

3) нарушение правил о языке при рассмотрении дела;

4) принятие судом решения о правах и об обязанностях лиц, не привлеченных к участию в деле;

5) неподписание решения судьей или одним из судей, если дело рассмотрено в коллегиальном составе судей, либо подписание решения не теми судьями, которые указаны в решении;

6) отсутствие в деле протокола судебного заседания или подписание его не теми лицами, которые указаны в статье 155 настоящего Кодекса;

7) нарушение правила о тайне совещания судей при принятии решения.