Сейчас они продают эту квартиру за 2,5 млн. С какой суммы будет уплачивать налог брат, а с какой сестра?

Уважаемый Михаил! Вычет при покупке доли квартиры предоставляется единожды по пп.2 п.1 ст.220 НК РФ и если в год подачи заявления на вычет он не был полностью получен, то и после продажи квартиры сестра сможет получить остаток вычета. Главное сохранить себе нотариальные копии правоустанавливающих документов на квартиру, подавать декларации по форме №3-НДФЛ и заявления на вычет, иметь доходы, облагаемые НДФЛ. Если квартира продаётся до истечения 3-х лет владения ею как собственностью, то каждый получает доход пропорционально своей доли от всей полученной от продажи суммы и подаёт декларацию по форме №3-НДФЛ и заявление на имущественный вычет по пп.1 п.1 ст.220 НК РФ. Вычет на всю квартиру при продаже 1000000руб. Если доля брата 2/5, то он имеет право на вычет в сумме 400000руб., а сестра в сумме 600000руб. Если цена продажи 2,5 млн. руб., то брат получит 1000000руб. и после вычета должен платить 13% от 600000руб. Сестра получит 1500000руб. и после вычета будет платить 13% от 900000руб.

Михаил! Дополню, что при наличии документов по оплате долевого участия каждым сособственником можно вместо использования права на имущественный вычет произвести зачёт затрат на приобретение квартиры из суммы, полученной от продажи. Тогда каждый будет платить 13% от суммы превышения понесённых им затрат по сравнению с суммой, полученной от продажи доли.