Как правильно поступить в ситуации, когда паспорт оказался недействителен (выдан с нарушением)

Паспорт недействителен (выдан с нарушением).

Добрый день, уважаемые юристы!

Буду очень признателен, если поможете советом, как правильно поступить в сложившейся ситуации:

Предыстория такова: В 2003 году при посредничестве одной фирмы я получил загранпаспорт РФ, выданный посольством РФ в Казахстане. На тот момент я имел единственное гр-во – Украины.

С полученным паспортом я обратился в ФМС в г. Москва по месту временной регистрации, где мне выдали внутренний паспорт гражданина РФ. Через некоторое время я прописался в Московской области, где со временем получил новый загранпаспорт, а так же новый внутренний паспорт (т.к. у меня были украдены документы и пришлось восстанавливать по месту прописки).

С марта 2009 года по настоящее время (надеюсь) прописан в г. Москва, где приобрел квартиру.

По месту прописки в ФМС в Москве получал еще один загранпаспорт (по истечению срока действия старого).

В прошлом году мой старший сын (совершеннолетний, гр-н Украины) подал документы на получение гр-ва РФ в консульстве в Украине на основании того, что его отец является гр. РФ и постоянно проживает на территории РФ. В конце прошлого года меня вызывали в ФМС по месту жительства и просили написать объяснение о том как и где я получал гр-во РФ и где находился все это время (на основании запроса из центрального ФМС). Я написал (упустив момент о посредничестве фирмы) и отдал сотрудникам ФМС.

В начале этого года моему старшему сыну было отказано в получении гр-ва РФ на том основании, что я не являюсь гражданином РФ. После этого я проверил свой паспорт в разделе ФМС, ответ был что паспорт недействителен (выдан с нарушением), хотя ранее все было нормально.

Мне посоветовали восстановить документы гр-на Украины (украинского гр-ва меня вряд ли лишали) и начать процедуру получения ВНЖ и далее гр-ва по упрощенной схеме (на основании того, что весной будет три года, как я нахожусь в браке с гр-кой РФ (хотя в свидетельстве о браке я указан как гражданин РФ)).

Подскажите, с чего лучше начать и в каком направлении двигаться в сложившейся ситуации.

Понимаю что ситуация запутанная, но тем не менее выход должен быть, постоянно живу в Москве более 12 лет, официально работаю все это время, родились в Москве двое детей (граждане РФ) и т.д.

Спасибо за помощь.