Как мне быть, выплачивать деньги, которых не брала или есть возможность отыскать эти документы?

Если это гражданский суд, то возможно нет никакого уголовного дела и соответственно никто не обвиняет по ст.156 УК РФ.

Речь идёт о взыскании недостачи материальных средств выявленных в результате ревизии.

Все средства хороши для доказательства невиновности.

В соответствии с разъяснением, содержащимся в п. 4 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 16.11.2006 N 52 "О применении судами законодательства, регулирующего материальную ответственность работников за ущерб, причиненный работодателю", обязанность доказать противоправность поведения работника, его вину в причинении вреда и наличие законных оснований для привлечения его к материальной ответственности возлагается на работодателя.

У вас заключен договор о полной материальной ответственности?

Пусть суд привлечет в качестве свидетелей прежнего работника магазина, установщиков сигнализации(она не пультовая?) или еще людей которые знают что-либо о проблемах в магазине.

Право работодателя на возмещение работником ущерба связано с его обязанностью обеспечить необходимые условия для сохранности принадлежащего ему имущества. Неисполнение работодателем обязанности по обеспечению надлежащих условий для хранения имущества, вверенного работнику, исключает материальную ответственность работника за причиненный этому имуществу ущерб. При таких обстоятельствах вина в ущербе лежит на работодателе.

Докажите в суде что работодатель не обеспечил условий для сбережения имущества и вас освободят вообще от ответственности ст.239 ТК РФ.