Допрос с применением насилия - можно ли обратиться в прокуратуру и как это повлияет на моего сына?

Да можете обратиться.

Федеральный закон от 02.05.2006 N 59-ФЗ (ред. от 03.11.2015) "О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации"

Статья 6. Гарантии безопасности гражданина в связи с его обращением

1. Запрещается преследование гражданина в связи с его обращением в государственный орган, орган местного самоуправления или к должностному лицу с критикой деятельности указанных органов или должностного лица либо в целях восстановления или защиты своих прав, свобод и законных интересов либо прав, свобод и законных интересов других лиц.

2. При рассмотрении обращения не допускается разглашение сведений, содержащихся в обращении, а также сведений, касающихся частной жизни гражданина, без его согласия. Не является разглашением сведений, содержащихся в обращении, направление письменного обращения в государственный орган, орган местного самоуправления или должностному лицу, в компетенцию которых входит решение поставленных в обращении вопросов.

Конечно обращайтесь, тем более что Ваш сын им написал и почему допрашивали?? Обратитесь к адвокату

Напишите заявление в следственный комитет, они проведут проверку и при подтверждении факта пыток, возбудят уголовное дело в отношении сотрудников полиции. Вашему сыну это не повредит, может наоборот помочь в дальнейшем, если показания с него были "выбиты".