Как выписать человека, если он в местах заключения. Дом был в частной собственности (не его), когда его туда прописали.

Только через суд. Вам необходимо подать иск в районный суд по месту нахождения дома о признании неприобретшим право пользования жилым помещением

Для этого вам (если вы-собственник этого дома) необходимо имеь заверенную копию приговора, которым этот человек осужден к лишению свободы. Далее-представить этот приговор в подразделение ФМС, которое и обязано произвести снятие с регистрации этого человека.

Правила

регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации

(утв. постановлением Правительства РФ от 17 июля 1995 г. N 713)

(с изменениями от 23 апреля 1996 г., 14 февраля 1997 г., 16 марта 2000 г., 14 августа 2002 г., 22 декабря 2004 г., 28 марта 2008 г.)

31. Снятие гражданина с регистрационного учета по месту жительства производится органами регистрационного учета в случае:

в) осуждения к лишению свободы - на основании вступившего в законную силу приговора суда;

Данный вопрос решается в судебном порядке. Вам надо составить исковое заявление, подать его в суд в соответствии с правилами подсудности, приложить все подтверждающие документы, в дальнейшем ходить на судебные заседания. Возможно это сделать с помощью юриста, который представит Ваши интересы, вероятность успешного разрешения вопроса будет в таком случае большей.