Отказ имею на руках, хочу обращаться в суд, есть ли шансы.

Здравствуйте, Наталья. Действительно, ранее налоговые органы придерживались позиции, позволяющей получить имущественный налоговый вычет после регистрации права собственности (оформления акта передачи квартиры) в отношении доходов, полученных в предшествующих налоговых периодах, при условии документального подтверждения расходов на приобретение жилья налогоплательщиком. К сожалению, позднее, налоговое ведомство изменило свое мнение на противоположное, указывая в письмах на то, что если в предыдущих налоговых периодах права на получение имущественного налогового вычета не было, он не может быть предоставлен в отношении доходов, полученных в этих налоговых периодах. Мне представляется сомнительной судебная перспектива дела по обжалованию Вами отказа налогового органа в предоставлении имущественного вычета за 2008-2009 года, поскольку Конституционный суд РФ в Определении от 20.10.2005 N 387-О в результате анализа норм Налогового кодекса о предоставлении имущественного вычета указал следующее: сумма имущественного налогового вычета, предоставляемого в отношении расходов на приобретении квартиры (жилого дома), применяется при исчислении облагаемой по ставке 13 процентов налоговой базы налога на доходы физических лиц, рассчитываемой за налоговый период, начиная с налогового периода, в котором возникло право собственности на приобретенную квартиру (жилой дом).

Таким образом, отказ налогового органа, полученный Вами, согласуется с позицией Конституционного суда, и, скорее всего, аналогичный подход продемонстрирует арбитражный суд при оценке правомерности действий налогового органа. Всего доброго Вам.

Уточняю: вместо "арбитражный суд", читать "суд общей юрисдикции".