Как быть в такой ситуации и сможет ли новый собственник выделить свои приобретённые доли отдельно что бы не зависеть от кого то?

В соответствии с Законом третий собственник имеет право преимущественного выкупа доли других собственников. Его необходимо уведомить письменно под расписку или заказным ценным письмом с уведомлением и описью о намерении продать доли по такой-то цене. И необходимо от него получить письменный отказ в приобретении или необходимо отсутствие ответа любого в течение месяца. После этого можно продавать третьему лицу - иначе без этих условий сделку не зарегистрируют. Смотря в каком виде у Вас создано само предприятие - ООО или ЗАО - Вы это не уточнили, но это скорее всего самый распространенный вариант - то этот путь обязателен. А в дальнейшем необходимо будет или принять решение большинством голосов (или как предусмотрено в Уставе) о реорганизации путем выделения двух отдельных предприятий с разделом имущества пропорционально долям (при наличии такой физической возможности); или принять решение о выходе из состава учредителей с выделением доли. Чаще всего в случае несогласия другого собственника на эти варианты - т.к. он имеет возможность также выкупить долю вышедшего или быть против деления фирмы, или вместо части магазина выплатить денежный эквивалент согласно оценочной чтоимости имущества - вопрос придется решать в Суде.