Вопрос - Нужно ли удерживать подоходный налог при выплате натуральной оплаты в сельском хозяйстве?

да, налог удерживается

Оплата труда в натуральной форме относится к доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме.

При получении налогоплательщиком дохода от организаций и индивидуальных предпринимателей в натуральной форме в виде товаров, иного имущества, налоговая база определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг) иного имущества, исчисленная исходя из их цен, определяемых в порядке, аналогичном предусмотренному статьей 105.3 Налогового кодекса РФ.

При начислении оплаты труда в виде натуральной форме при отсутствии других доходов налоговый агент не может удержать налог на доходы физических лиц, поэтому налоговый агент в конце года сообщает в налоговую инспекцию о невозможности удержания НДФЛ, а работник должен будет подать налоговую декларацию по форме 3-НДФЛ и заплатить налог на доходы физических лиц.

При выплате налогоплательщику дохода в натуральной форме или получении налогоплательщиком дохода в виде материальной выгоды удержание исчисленной суммы налога производится налоговым агентом за счет любых доходов, выплачиваемых налоговым агентом налогоплательщику в денежной форме. При этом удерживаемая сумма налога не может превышать 50 процентов суммы выплачиваемого дохода в денежной форме.

(ст.226 НК РФ)