Смогу ли я продать квартиру, если моя сестра прописана в ней?

Если Вы с сестрой станете собственниками квартиры, то любая из Вас будет вправе распоряжаться своей долей по своей воле (жить, продать т.д.)

Вы сможете продать только свою долю, причем ваша сестра будет иметь право преимущественной покупки вашей доли

Мы с сестрой являемся наследницами по закону квартиры матери. Мать хочет прописать сестру в этой квартире. Сможет ли сестра препятствовать продаже квартиры в будущем, когда возникнет право наследования, если она захочет остаться жить в этой квартире, а я захочу продать ее?

Нормы права.

ЖИЛИЩНЫЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Статья 31. Права и обязанности граждан, проживающих совместно с собственником в принадлежащем ему жилом помещении

4. В случае прекращения семейных отношений с собственником жилого помещения право пользования данным жилым помещением за бывшим членом семьи собственника этого жилого помещения не сохраняется, если иное не установлено соглашением между собственником и бывшим членом его семьи. Если у бывшего члена семьи собственника жилого помещения отсутствуют основания приобретения или осуществления права пользования иным жилым помещением, а также если имущественное положение бывшего члена семьи собственника жилого помещения и другие заслуживающие внимания обстоятельства не позволяют ему обеспечить себя иным жилым помещением, право пользования жилым помещением, принадлежащим указанному собственнику, может быть сохранено за бывшим членом его семьи на определенный срок на основании решения суда. При этом суд вправе обязать собственника жилого помещения обеспечить иным жилым помещением бывшего супруга и других членов его семьи, в пользу которых собственник исполняет алиментные обязательства, по их требованию.

Прописка сестры не влияет на появление у сестры желания вам как-то препятствовать. Тут и без прописки может у сестры появиться желание как-то вам попрепятствовать.