У мужа осталась дочь 2 года, в приватизацию он будет включать себя и дочь (они же там прописаны).

для приватизации необходимо согласие всех прописанных и проживающих,если сестра жены проживает без регистрации все равно ее согласие требуется,поэтому придется чтобы получить ее согалсие прописать ее(пропишите временно т.е. регистрация по месту пребывания на срок до 5 лет)оговорите отдельным договором в каком порядке будут нестись расходы по ремонту и содержанию жилья,воздлжив эту обязанность на фактического пользлвателя-сестру. Что касается дочери ,то если она включена в прватизацию то как собственник будет вправе требовать устранения препятствий в пользовании жилым помещением в том числе и выселения лиц,не являющихся собсбвенниками. Оговорите отдельно что пользователь сестране вправе без согласия собсбвенникапроизводить улучшение помещения.

В дополнение к данному вам адвокатом ответу. Насколько я понял, сестра умершей не включена в договор социального найма-следовательно юридически у неё права пользования этой квартирой нет и, таким образом, нет и права участвовать в приватизации квартиры. Поэтому пусть ваш "гражданский муж" продолжает приватизацию на себя и дочь. Затем-вполне можно по рекомендациям адвоката, где говорится о регистрации по месту пребывания (а не по месту жительства). Если будет регистрация по месту жительства, в дальнейшем могут возникнуть чрезмерные сложности