Можно ли выписать бывшую жену из родительского дома а детей оставить там прописанных?

Можете, в судебном порядке.

Постановление Правительства РФ от 17.07.1995 № 713 (ред. от 05.02.2016) "Об утверждении Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации

31. Снятие гражданина с регистрационного учета по месту жительства производится органами регистрационного учета в случае:

а) изменения места жительства - на основании заявления гражданина о регистрации по новому месту жительства или заявления о снятии его с регистрационного учета по месту жительства (в письменной форме или в форме электронного документа). При регистрации по новому месту жительства, если гражданин не снялся с регистрационного учета по прежнему месту жительства, орган регистрационного учета в 3-дневный срок обязан направить соответствующее уведомление в орган регистрационного учета по прежнему месту жительства гражданина для снятия его с регистрационного учета;

б) - в) утратили силу. - Постановление Правительства РФ от 05.03.2015 N 194;

г) признания безвестно отсутствующим - на основании вступившего в законную силу решения суда;

д) смерти или объявления решением суда умершим - на основании свидетельства о смерти, оформленного в установленном законодательством порядке;

е) выселения из занимаемого жилого помещения или признания утратившим право пользования жилым помещением - на основании вступившего в законную силу решения суда;

ж) обнаружения не соответствующих действительности сведений или документов, послуживших основанием для регистрации, а также неправомерных действий должностных лиц при решении вопроса о регистрации - на основании вступившего в законную силу решения суда;

з) изменения гражданином, указанным в пункте 26 (1) настоящих Правил, маршрутов кочевий, в результате которого такие маршруты стали проходить за границами муниципального района, по адресу местной администрации поселения которого он зарегистрирован по месту жительства, - на основании заявления гражданина в письменной форме с приложением документа, подтверждающего ведение гражданином кочевого и (или) полукочевого образа жизни;

и) прекращения гражданином, указанным в пункте 26 (1) настоящих Правил, кочевого и (или) полукочевого образа жизни - на основании заявления гражданина в письменной форме;

к) выявления факта фиктивной регистрации гражданина по месту жительства в жилом помещении, в котором этот гражданин зарегистрирован, - на основании решения органа регистрационного учета в порядке, установленном Федеральной миграционной службой.

32. При снятии граждан с регистрационного учета по месту жительства по основаниям, предусмотренным подпунктами "г" - "ж" и "к" пункта 31 настоящих Правил, соответствующие документы могут быть представлены заинтересованными физическими и юридическими лицами.

При этом, в случае если заинтересованным физическим или юридическим лицом не представлено свидетельство о смерти, орган регистрационного учета запрашивает информацию о государственной регистрации смерти в органах записи актов гражданского состояния в соответствии с законодательством Российской Федерации.

33. Органы регистрационного учета на основании полученных документов снимают граждан с регистрационного учета по месту жительства в 3-дневный срок.

Отметка в паспорте гражданина о снятии его с регистрационного учета по месту жительства производится в день поступления в орган регистрационного учета документов.

34. Исключен. - Постановление Правительства РФ от 14.08.2002 N 599.