Материнский капитал на частичное погашение ипотеки - где исчезли остальные деньги и право банка на гашение процентов

Да действительно не правильно все это, капитал должен был полностью долг гасить а не проценты, напишите заявление о перерасчете. Удачи вам и всего самого наилучшего.

если они могли уйти на погашение процентов, имеет ли право банк гасить проценты с этих денег, если средства были направленны на погашение основного долга.

Да, деньги с материнского капитала идут на погашение ипотеки и процентов по ней.

Банк же сам направляет данные средства на то, что идет первоочередным, обычно, это проценты по кредиту (ипотеке).

ВАС РФ указал, что общий порядок зачисления платежа по денежным обязательствам установлен в ст. 319 ГК РФ. Он может быть изменен только по соглашению сторон. Поэтому указание должником в платежном поручении назначения уплачиваемой суммы (например, возврат основной суммы кредита, а не процентов) не имеет значения при определении порядка погашения его обязательств перед кредитором. Он будет определяться по ст. 319 ГК РФ (тогда проценты погашаются ранее суммы основного долга) либо соглашением сторон.

ГК РФ Статья 319. Очередность погашения требований по денежному обязательству

Позиции высших судов по ст. 319 ГК РФ >>>

Сумма произведенного платежа, недостаточная для исполнения денежного обязательства полностью, при отсутствии иного соглашения погашает прежде всего издержки кредитора по получению исполнения, затем - проценты, а в оставшейся части - основную сумму долга.