Мне кажеться что здесь прокуратура протеворечит сама себе, если нет, то как можно решить этот вопрос.

Согласно ст. 43 ГК РФ безвестно отсутствующим гражданина признает только суд, а не прокуратура. Поэтому она провела проверку и так вам ответила. Обращайтесь в суд и все проблемы решите.

У вас есть все основания для признания его умершим(отсутствие сведений свыше пяти лет)

Статус сироты Вы сможете получить, если отец будет признан в судебном порядке умершим. Сейчас советую Вам обжаловать постановление прокуратуры в вышестоящую инстанцию.

Гражданин может быть по заявлению заинтересованных лиц признан судом безвестно отсутствующим, если в течение года в месте его жительства нет сведений о месте его пребывания.

Гражданин может быть объявлен судом умершим, если в месте его жительства нет сведений о месте его пребывания в течение пяти лет, а если он пропал без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, - в течение шести месяцев. Военнослужащий или иной гражданин, пропавший без вести в связи с военными действиями, может быть объявлен судом умершим не ранее чем по истечении двух лет со дня окончания военных действий. Днем смерти гражданина, объявленного умершим, считается день вступления в законную силу решения суда об объявлении его умершим. В случае объявления умершим гражданина, пропавшего без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, суд может признать днем смерти этого гражданина день его предполагаемой гибели.

Вам необходимо составить заявление в суд, подать его в соответствии с правилами подсудности, приложить все подтверждающие документы, в дальнейшем ходить на судебные заседания. Возможно это сделать с помощью юриста, который представит Ваши интересы.