Я являюсь военнослужащим надо ли мне выписываться из муниципального жилья чтобы получить сертификат?

Нет, достаточно чтобы выполнялись критерии для его получения, установленные п. 14 ст. 15 ФЗ 76 "О статусе военнослужащих":

Обеспечение жилым помещением военнослужащих-граждан, имеющих общую продолжительность военной службы 10 лет и более, при увольнении с военной службы по достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе, состоянию здоровья или в связи с организационно-штатными мероприятиями и членов их семей при перемене места жительства осуществляется федеральными органами исполнительной власти и федеральными государственными органами, в которых предусмотрена военная служба, за счет средств федерального бюджета на строительство и приобретение жилого помещения, в том числе путем выдачи государственных жилищных сертификатов. Право на обеспечение жилым помещением на данных условиях предоставляется указанным гражданам один раз. Документы о сдаче жилых помещений Министерству обороны Российской Федерации (иному федеральному органу исполнительной власти или федеральному государственному органу, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба) и снятии с регистрационного учета по прежнему месту жительства представляются указанными гражданами и совместно проживающими с ними членами их семей при получении жилого помещения по избранному месту жительства.

Если Вы являетесь нанимателем жилого помещения, которое соответствует по нормам, то Вы не можете быть приняты на учет нуждающихся в обеспечении жильем. При снятии с учета (выписки) Вас можно признать нуждающимся в постоянном жилье только через 5 лет.

Если вы являетесь нанимателем или членом семьи нанимателя по договору соц. найма, то вам необходимо составить нотариальное обязательство, что после получения сертификата вы обязуетесь освободить занимаемой жилье и передать его муниципалитету.

Наличие регистрации в муниципальном жилье не является препятствием для обеспечения жильем по избранному месту жительства, либо жилищной субсидией. Для этого Вам необходимо представить обязательство о сдаче жилого помещения, в случае обеспечения Вас жильем иным образом. Снятие с регистрационного учета осуществляется при сдаче жилья, то есть после предоставления иного жилья, либо выделения жилищной субсидии. Если сняться с учета сейчас, то у Вас будет иметь место быть ухудшение жилищных условий и, как следствие, невозможность постановки на учет в течение пяти лет.