Можно ли купить дом по военной ипотеке если земельный участок не приватизирован?

Само по себе - законодательством не запрещено.

Гражданский кодекс РФ

Статья 552. Права на земельный участок при продаже здания, сооружения или другой находящейся на нем недвижимости

1. По договору продажи здания, сооружения или другой недвижимости покупателю одновременно с передачей права собственности на такую недвижимость передаются права на земельный участок, занятый такой недвижимостью и необходимый для ее использования.

2. В случае, когда продавец является собственником земельного участка, на котором находится продаваемая недвижимость, покупателю передается право собственности на земельный участок, занятый такой недвижимостью и необходимый для ее использования, если иное не предусмотрено законом.

3. Продажа недвижимости, находящейся на земельном участке, не принадлежащем продавцу на праве собственности, допускается без согласия собственника этого участка, если это не противоречит условиям пользования таким участком, установленным законом или договором.

При продаже такой недвижимости покупатель приобретает право пользования соответствующим земельным участком на тех же условиях, что и продавец недвижимости.

Нет, нельзя

ФЗ "О накпительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих"

Статья 14. Право участника накопительно-ипотечной системы на получение целевого жилищного займа

1. Каждый участник накопительно-ипотечной системы не менее чем через три года его участия в накопительно-ипотечной системе имеет право на заключение с уполномоченным федеральным органом договора целевого жилищного займа в целях:

1) приобретения жилого помещения или жилых помещений, приобретения земельного участка, занятого приобретаемыми жилым домом либо частью жилого дома и необходимого для их использования, под залог приобретаемых жилого помещения или жилых помещений, указанного земельного участка, а также приобретения жилого помещения или жилых помещений по договору участия в долевом строительстве;

2) уплаты первоначального взноса при приобретении с использованием ипотечного кредита (займа) жилого помещения или жилых помещений, приобретении земельного участка, занятого приобретаемыми жилым домом либо частью жилого дома и необходимого для их использования, уплаты части цены договора участия в долевом строительстве с использованием ипотечного кредита (займа) и (или) погашения обязательств по ипотечному кредиту (займу);

...

Т.е. жилой дом без участка приобрести нельзя.