Ст. 161 НК РФ даёт разъяснения по налоговому учёту, а как отразить в бухгалтерском учёте?

Не может. Цитата из судебного решения.

Постановление Федерального арбитражного суда Северо-Западного округа

от 22 октября 2002 г. N А26-5736/01-02-12/153

" Принимая во внимание, что субъекты малого предпринимательства не являются плательщиками налога на добавленную стоимость в силу прямого указания на то в пункте 2 статьи 1 Федерального закона N 222-ФЗ, при реализации товаров они не должны увеличивать их цену на сумму налога на добавленную стоимость, как это предусмотрено для плательщиков этого налога.

Следовательно, в валовую выручку как объект налогообложения при упрощенной системе налогообложения, учета и отчетности не предусмотрено включение налога на добавленную стоимость.

Если же субъект малого предпринимательства реализует товары по цене, увеличенной на сумму налога на добавленную стоимость, подтверждением чему является выделение этого налога отдельной строкой в расчетных и первичных документах, это является нарушением вышеприведенных положений Федерального закона N 222-ФЗ.

Суммы налога на добавленную стоимость, незаконно истребованные от покупателей именно как налог, не могут быть включены ни в одну из составляющих валовой выручки, они подлежат отражению у их получателя также как налог на добавленную стоимость.

Согласно пункту 1 статьи 7 Закона Российской Федерации "О налоге на добавленную стоимость" от 06.12.91 N 1992-1, действовавшего до 01.01.2001, и статье 168 главы 21 НК РФ, введенной в действие с 01.01.2001, при реализации товаров (работ, услуг) плательщики налога на добавленную стоимость обязаны увеличить цену реализуемых товаров (работ, услуг) на сумму этого налога. Сумма налога на добавленную стоимость должна быть выделена в расчетных документах, первичных учетных документах, счетах-фактурах на реализуемые товары (работы, услуги) отдельной строкой. Поскольку такая обязанность возложена только на плательщиков налога на добавленную стоимость, организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, а потому не являющиеся плательщиками этого налога, не только не должны, но и не вправе включать в стоимость своих товаров (работ, услуг) налог на добавленную стоимость. Налоговым органом подтверждена незаконность истребования от покупателей и получения истцом сумм налога на добавленную стоимость при расчетах за товары. Налоговый орган, выявив указанное нарушение, правомерно потребовал от истца уплатить (перечислить) полученные суммы налога в бюджет не как плательщика налога на добавленную стоимость, а по иному основанию - как незаконно полученные".