Нужно ли брать направление с отдела, где я служу, для прохождения ВВК в РКС?

Все верно. Направление дает принимающий ОВД

Приказ МВД РФ от 14 июля 2010 г. № 523 "Об утверждении Инструкции о порядке проведения военно-врачебной экспертизы и медицинского освидетельствования в органах внутренних дел Российской Федерации и внутренних войсках Министерства внутренних дел Российской Федерации"

107. Направление на освидетельствование в ВВК граждан, поступающих на службу, в образовательные учреждения, сотрудников производится начальником (руководителем) органа внутренних дел, имеющим право назначения на должность и на увольнение, или начальником кадрового аппарата органа внутренних дел со ссылкой на решение соответствующего начальника (руководителя) органа внутренних дел* (49), а военнослужащих - лицами, указанными в пункте 241 настоящей Инструкции. Срок действия направления на освидетельствование - три месяца.

В случае отсутствия в МВД, ГУВД, УВД по субъекту Российской Федерации (ином органе внутренних дел) ВВК по согласованию с ЦВВК МСЦ МВД России допускается освидетельствование граждан, поступающих на службу, сотрудников в ВВК МСЧ МВД, ГУВД, УВД по другим субъектам Российской Федерации или в ВВК, не входящих в систему МВД России, на основании соглашений, заключенных МВД, ГУВД, УВД по субъекту Российской Федерации (иным органом внутренних дел) с медицинскими учреждениями (в том числе медицинскими учреждениями, не входящими в систему МВД России).