В договоре ничего по этому поводу не указано.

1. Незаконно.

2. Обращаться в суд с иском к работодателю.

Трудовой кодекс РФ - Статья 137. Ограничение удержаний из заработной платы

Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:

для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;

для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;

для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок

Незаконно. Можете вернуть в судебном порядке, обратившись в суд с иском о взыскании незаконно невыплаченной зарплаты в течение 3-х месяцев со дня, когда Вы узнали или должны были узнать о нарушении Ваших прав (если уволились - то со дня увольнения). Бремя доказывания законности удержаний возлагается на ответчика, т.е. на работодателя. В Вашем случае незаконность удержаний очевидна, т.к. Ваша обязанность пользоваться сим-картой работодателя при ведении служебных переговоров (равно как и обязанность оплачивать данные служебные переговоры) не была оговорена ни в одном из локальных нормативных актов работодателя, с которыми Вы были бы ознакомлены под роспись (как я понял), равно как и в Вашем трудовом договоре.

Помимо незаконно удержанной заработной платы Вы вправе рассчитывать на взыскание с ответчика также и компенсации морального вреда, при условии предоставления соответствующих медицинских документов.

Удачи.