Налоговая отказала от возврата излишне уплаченных налогов из-за срока давности, но возможно подать заявление в суд - стоит ли это делать и сколько это будет стоить?

Дело в том, что для восстановление срока исковой давности нужны основания ст. 205 ГК РФ. Если они у вас есть то можете попробовать. Вам это обойдется точно более 4 т..р, но в случае принятия решения в вашу пользу, вы сможете взыскать эти расходы с проигравшей стороны ст 98 и 100 ГПК РФ. Так, что решать только вам.

Статья 78 Налогового кодекса Российской Федерации, регламентирующая порядок зачета или возврата излишне уплаченной суммы налога, сбора, а также пени, предусматривает, что налоговый орган обязан сообщить налогоплательщику о каждом ставшем известным налоговому органу факте излишней уплаты налога и сумме излишне уплаченного налога не позднее одного месяца со дня обнаружения такого факта (пункт 3); сумма излишне уплаченного налога подлежит возврату по письменному заявлению налогоплательщика (пункт 7), которое может быть им подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы (пункт 8), что порождает обязанность налогового органа в течение месяца со дня подачи заявления возвратить сумму излишне уплаченного налога, если иное не установлено данным Кодексом (пункт 9).

Вырожу свое мнение в случае подачи искового заявления представитель Налоговой сошлется на срок исковой давности (Статья 196. ГК РФ) и суд откажет в удовлетворении требовании. Расходы на адвоката не целесообразны при такой сумме иска. Выбор за вами.