Какие еще могут быть последствия?

Новый владелец долей зарегистрированный должным образом, будет являться фактически полным владельцем Вашего предприятия с вытекающими последствиями, а если он перепродаст свои доли кому-то еще, то у Вашего предприятия возникнут серьезные проблемы, по вопросу руководителей, посмотрите Трудовой кодекс РФ о договорах с руководителями.

С Уважением,

Понимаю, что наверное поздно но очень бы хотелось бы сказать Вам следующее:

во-первых, в качестве обеспечения кредита оформляется не договор купли-продажи доли, а договор залога имущества предприятия. Разница будет в том, что договор купли-продажи заключается с владельцем доли, а не с самим предприятием, и деньги даются владельцу доли, который для того чтобы передать ее предприятию вкладывает эти деньги либо как кредит предприятию либо как добавочный капитал. Кроме того договор купли-продажи доли должен быть зарегистрирован и должны быть внесены изменения в состав учредителей. Поэтому может возникнуть опасность, что Ваш обратный договор могут эти лица отказаться регистрировать и он не будет иметь юридической силы, то есть фактически предприятие может быть для Вас потеряно.

Что касается влияния 80% то здесь все зависит от порядка указанного в Вашем уставе, ведь могли же Вы быть настолько предупредительны, что заранее предусмотрели коллегиальный способ принятия решений причем в порядке единогласного мнения?

Если нет, то опять-таки в уставе должен быть указан порядок назначения руководителя. Если не указан конкретно, то решение принадлежит владельцу 80%, поскольку это долевая собственность и налицо квалифицированное большинство.

А новый владелец всегда имеет право сменить руководителя и главбуха.

Налоговый орган скорее всего примет в любом случае, хотя если в уставе у вас будет записано обязательное единогласное мнение, Вы можете требовать от налогового органа отказа в регистрации этих изменений.

Кстати, я не очень хорошо поняла Вашу ситуацию, но если Вы являетесь одним из учредителей и такая сделка уменьшает % Вашей доли в предприятии, Вы имеете право подать заявление в суд о признании сделки недействительной как совершенной неправомочным лицом, поскольку никто не имеет права продавать Ваше имущество, кроме Вас самих. Если Вы на это не оформляли доверенность.