Почему бюджетная организация не перечислила деньги за выполненную работу на бюджетный счёт?

Если срок оплаты нарушен, то писать претензию если Вы ИП и обращаться в суд; если просто физ. лицо, то можно сразу обращаться в суд;

"Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)" от 30.11.1994 N 51-ФЗ (ред. от 03.08.2018) (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.09.2018)

""ГК РФ Статья 309. Общие положения

""Обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями обязательства и требованиями закона, иных правовых актов, а при отсутствии таких условий и требований - в соответствии с обычаями или иными обычно предъявляемыми требованиями.

(в ред. Федерального закона от 08.03.2015 N 42-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции"); ч.2 ГК РФ, ч.3 ГК РФ, ч.4 ГК РФ

"Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)" от 30.11.1994 N 51-ФЗ (ред. от 03.08.2018) (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.09.2018)

""ГК РФ Статья 310. Недопустимость одностороннего отказа от исполнения обязательства

(в ред. Федерального закона от 08.03.2015 N 42-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""1. Односторонний отказ от исполнения обязательства и одностороннее изменение его условий не допускаются, за исключением случаев, предусмотренных настоящим "Кодексом", другими "законами" или иными правовыми актами.

""2. Одностороннее изменение условий обязательства, связанного с осуществлением всеми его сторонами предпринимательской деятельности, или односторонний отказ от исполнения этого обязательства допускается в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, другими законами, иными правовыми актами или договором.

""В случае, если исполнение обязательства связано с осуществлением предпринимательской деятельности не всеми его сторонами, право на одностороннее изменение его условий или отказ от исполнения обязательства может быть предоставлено договором лишь стороне, не осуществляющей предпринимательской деятельности, за исключением случаев, когда законом или иным правовым актом предусмотрена возможность предоставления договором такого права другой стороне.

""3. Предусмотренное настоящим Кодексом, другим законом, иным правовым актом или договором право на односторонний отказ от исполнения обязательства, связанного с осуществлением его сторонами предпринимательской деятельности, или на одностороннее изменение условий такого обязательства может быть обусловлено по соглашению сторон необходимостью выплаты определенной денежной суммы другой стороне обязательства.