Как справиться с ситуацией, когда отпуск был нарушен из-за болезни

Если лист нетрудоспособности работодателю сдан (судя по изложенному работодатель его принял), то никаких прогулов у вас нет и основания для увольнения также нет. Отпуск не аннулируется, а продлевается на количество дней нетрудоспособности либо по соглашению с работодателем переносится на другой срок. Никакого "договора на отпуск" ТК РФ не предусмотрено. Отпуск предоставляется согласно графику отпусков, обязательному для работников и работодателя.

Статья 123 ТК РФ. Очередность предоставления ежегодных оплачиваемых отпусков

Очередность предоставления оплачиваемых отпусков определяется ежегодно в соответствии с графиком отпусков, утверждаемым работодателем с учетом мнения выборного органа первичной профсоюзной организации не позднее чем за две недели до наступления календарного года в порядке, установленном статьей 372 настоящего Кодекса для принятия локальных нормативных актов.

График отпусков обязателен как для работодателя, так и для работника.

О времени начала отпуска работник должен быть извещен под роспись не позднее чем за две недели до его начала.

Статья 124 ТК РФ. Продление или перенесение ежегодного оплачиваемого отпуска

Ежегодный оплачиваемый отпуск должен быть продлен или перенесен на другой срок, определяемый работодателем с учетом пожеланий работника, в случаях:

временной нетрудоспособности работника;

Добрый день!

В случае взятия работником листа нетрудоспособности (больничного) с захватом отпускных дней (ежегодно оплачиваемого отпуска), отпуск должен быть продлен или перенесен на другой срок.

ст. 124 Трудового кодекса РФ "Ежегодный оплачиваемый отпуск должен быть продлен или перенесен на другой срок, определяемый работодателем с учетом пожеланий работника, в случаях: временной нетрудоспособности работника..."

"Аннулироваться" отпуск не может, работодатель в данной ситуации Вас либо запугивает, либо не грамотен.

В Вашем случае, как я понимаю отпуск не продлили, следовательно вы на сегодняшний день можете подать заявление о переносе дней отпуска, которые не были использованы из-за вашей болезни. В заявлении нужно указать причину переноса отпуска (болезнь), а также даты, на которые вы желаете перенести оставшуюся часть отпуска. К заявлению необходимо приложить листок нетрудоспособности. Тогда отпуск может быть перенесен на другой срок.

При переносе отпуска на другой срок работодатель должен повторно рассчитать отпускные за перенесенные дни отпуска. Уже выплаченные отпускные могут быть зачтены в счет выплат, причитающихся вам в будущем. По общему правилу удерживать из зарплаты отпускные за неиспользованные дни отпуска запрещено

(ст. 114, ч. 1 ст. 124, ст. ст. 137, 139 ТК РФ).

Относительно вопроса о прогуле.

В соответствии со ст. 81 Трудового кодекса РФ

прогул, это отсутствие на рабочем месте без уважительных причин в течение всего рабочего дня (смены), независимо от его (ее) продолжительности, а также в случае отсутствия на рабочем месте без уважительных причин более четырех часов подряд в течение рабочего дня (смены)

Работодатель не может уволить Вас по пп. а п. 6 ч. 1 ст. 81 Трудового кодекса РФ, так как закрытый больничный лист в период основного отпуска не является грубым проступком работника.