Как работает налоговый вычет при продаже квартиры?

Совершенно верно. Эта сумма не входит в налогооблагаемую базу по НДФЛ.

Вы имеете право на налоговый вычет в сумме, израсходованной на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома или квартиры, в размере фактически произведенных расходов, а также в сумме, направленной на погашение процентов по ипотечным кредитам, полученным налогоплательщиком в банках Российской Федерации и фактически израсходованным им на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома или квартиры. Таким образом из суммы ваших доходов за отчетный налоговый период вычитаются суммы, затраченные на новое жилье, остаток облагается 13% ставкой налога на доходы физических лиц.

При передаче прав собственности по договору купли-продажи собственник должен уплатить 13%-ный налог на дохода. Однако в соответствии со ст.220 Налогового кодекса РФ при определении размера налоговой базы в соответствии налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в суммах, полученных от продажи квартир, находившихся в собственности налогоплательщика менее пяти лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей. При продаже квартир, находившихся в собственности налогоплательщика пять лет и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже указанного имущества.