Что произойдет с остатком маткапитала после оформления выплат на второго ребенка?

Нет, все так же ее можно будет использовать в установленном порядке.

Федеральный закон от 29.12.2006 N 256-ФЗ (ред. от 30.10.2018) "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей"

Статья 6. Размер материнского (семейного) капитала

3. Размер материнского (семейного) капитала уменьшается на сумму средств, использованных в результате распоряжения этим капиталом в порядке, установленном настоящим Федеральным законом.

4. Пенсионный фонд Российской Федерации по запросу лица, получившего сертификат, предоставляет информацию о размере материнского (семейного) капитала либо в случае распоряжения частью материнского (семейного) капитала о размере его оставшейся части на бумажном носителе или в электронной форме в соответствии с требованиями, установленными статьей 10 Федерального закона от 27 июля 2010 года N 210-ФЗ "Об организации предоставления государственных и муниципальных услуг". Порядок предоставления лицу, получившему сертификат, по его запросу информации о размере материнского (семейного) капитала либо в случае распоряжения частью материнского (семейного) капитала о размере его оставшейся части устанавливается федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере труда и социальной защиты населения.