Какие налоги взимаются при продаже квартиры и нежилого помещения при признании деятельности физического лица предпринимательской?

По общему правилу при ОСНО продаваемое имущество облагается и НДФЛ, и НДС. Но из этого правила есть исключения и налоговые "послабления" (вычеты или возможность уменьшить налогооблагаемую базу). Также если квартира находится в собственности 3 или 5 лет (исходя из основания перехода в собственность), то налог с ее продажи даже если она использовалась в предпринимательской деятельности можно вовсе не уплачивать (основание - п. 17.1 ст. 217 НК РФ). Поэтому для оценки, сколько придется заплатить налогов и придется ли вообще что-то платить, нужно знать подробности.

Что касается "фнс признает твою деятельность предпринимательской и включит тебя в егрюл", то здесь следует понимать, что без Вашего заявления на регистрацию в качестве ИП никто Вас принудительно в ЕГРИП включить не сможет. За незаконную предпринимательскую деятельность могут только вменить административную, уголовную ответственность, а также доначислить налоги.

Вы продали в течение года два объекта недвижимости, которые, судя по изложенному, не использовались в предпринимательской деятельности, при этом Вы не являлись и на данный момент не являетесь ИП. Подвести Вас под незаконное предпринимательство с продажей всего двух объектов, один из которых обычное жилое помещение (в особенности если по нему не было аренды, была регистрация и пр.), будет крайне сложно. Но если в нынешнем году у Вас еще планируются подобные сделки, тогда налоговая уже сможет усмотреть систематичность со всеми вытекающими. А пока причин для беспокойства с Вашей стороны не вижу.

При продаже жилой недвижимости только НДФЛ, при продаже нежилого помещения - и НДФЛ, и НДС по ставке 20%.

Нет, применить никакие вычеты будет нельзя.

Невозможно применить профессиональный вычет, т.к. он был бы возможен, если бы Вы были зарегистрированы в качестве ИП на момент реализации недвижимости. Признание деятельности незаконным предпринимательством не равно статусу ИП. Его можно получить только при регистрации в установленном законом порядке на основании заявления физлица.

И невозможно получить имущественный вычет как обычный гражданин, потому что если недвижимость признается участвующей в предпринимательской деятельности, то такое право утрачивается.

Таким образом, незаконное предпринимательство может сильно ударить по гражданину: это и доначисление налогов, штрафы, пени, административная ответственность за незаконную предпринимательскую деятельность и уголовная ответственность, если получен доход в крупном размере от такой деятельности.

Но еще раз повторюсь, что в Вашем случае риски минимальны.