А административные протоколы на сотрудников ФСБ или наркоконтроля сотрудники милиции могут составлять и принимать решения по ним?

Например - могут.

КоАП РФ.

" Статья 2.5. Административная ответственность военнослужащих и иных лиц, на которых распространяется действие дисциплинарных уставов

Военнослужащие и призванные на военные сборы граждане несут ответственность за административные правонарушения в соответствии с дисциплинарными уставами. Сотрудники органов внутренних дел, органов уголовно-исполнительной системы, Государственной противопожарной службы, органов по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ и таможенных органов несут ответственность за административные правонарушения в соответствии с нормативными правовыми актами, регламентирующими порядок прохождения службы в указанных органах. За нарушение законодательства о выборах и референдумах, в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения, правил дорожного движения, требований пожарной безопасности вне места службы, законодательства об охране окружающей природной среды, таможенных правил и правил режима Государственной границы Российской Федерации, пограничного режима, режима в пунктах пропуска через Государственную границу Российской Федерации, а также за административные правонарушения в области налогов, сборов и финансов, невыполнение законных требований прокурора, следователя, лица, производящего дознание, или должностного лица, осуществляющего производство по делу об административном правонарушении, лица, на которых распространяется действие дисциплинарных уставов или специальных положений о дисциплине, несут ответственность на общих основаниях. К указанным лицам не могут быть применены административные наказания в виде административного ареста, а к военнослужащим, проходящим военную службу по призыву, также в виде административного штрафа".