Что будет с делом после возвращения денежных средств и представления ходатайства о примерении?

Дело прекратят в суде, судимости не будет, но в справке о судимости будут сведения о привлечении вас к уголовной ответственности.

Если заявление поступило, то по нему возбуждено уголовное дело. Возмещение ущерба не влечет автоматически прекращения уголовного дела. Дело в любом случае будет расследовано, вас будут допрашивать, потерпевшего и свидетелей также, вас ознакомят с материалами дела, однако, по окончании расследования (либо после передачи дела в суд) по делу примут решение о прекращении уголовного дела за примирением.

По окончании расследования дело либо сам дознаватель прекратит (у него есть такие полномочия), либо дознаватель направит дело в суд и судья прекратит дело за примирением.

Дознаватель возбуждает дело не в корыстных целях. Ему проще не возбудить - работы меньше, а на зарплату не влияет). Но если заявление о краже было, и есть соответствующие пояснения потерпевшего, то возмещение ущерба не обязывает его прекратить дело. Тут у них действительно вступает в ход палочная система, которая обязывает направлять раскрытые дела в суд.

Если потерпевший готов примириться, то, при отсутствии судимости, суд с большой вероятностью, при наличии соответствующего заявления от потерпевшего, прекратит дело. Судимости в этом случае не будет.