Непонимание предмета химия в классе из-за учебной программы и конспектов учителя, вызвало протест родителей и учеников.

Странная ситуация. Преподаватель не может что "свое" преподавать, только по утвержденной программе, плохо или хорошо это но факт. Угрозы вообще быть не может. Пишите в департамент образования жалобу раз вас не слышит директор.

Юлия, добрый вечер! Согласно положениям Федерального закона от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 24.03.2021) "Об образовании в Российской Федерации" образовательные программы самостоятельно разрабатываются и утверждаются организацией, осуществляющей образовательную деятельность. При этом организации, осуществляющие образовательную деятельность по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам (за исключением образовательных программ высшего образования, реализуемых на основе образовательных стандартов, утвержденных образовательными организациями высшего образования самостоятельно), разрабатывают образовательные программы в соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами и с учетом соответствующих примерных основных образовательных программ. Таким образом отступления учителя от утвержденной образовательной программы является неправомерным и идет в разрез с законом.

Помимо этого основной обязанностью учителя является осуществление своей деятельности на высоком профессиональном уровне, а также обеспечение в полном объеме реализации преподаваемых учебных предмета, курса, дисциплины (модуля) в соответствии с утвержденной рабочей программой.

Требуйте от руководства образовательной организации привлечь педагога к дисциплинарной ответственности в соответствии с ТК РФ пусть сделают ему выговор, замечание либо уволят (ст. 192 ТК РФ предусматривает три вида взыскания - выговор, замечание либо увольнение).

Помимо этого педагога следует привлечь к административной ответственности по ч.2 ст. 19.30 КоАП РФ за реализацию не в полном объеме образовательных программ в соответствии с учебным планом. Данное правонарушение влечет за собой наложение административного штрафа на должностных лиц в размере от двадцати тысяч до сорока тысяч рублей; на юридических лиц - от пятидесяти тысяч до ста тысяч рублей.

Вместе с этим подайте жалобу в Управление образования городской администрации (подразделение Департамента образования и науки) с требованием разобраться, жалобу можно подать как в электронном виде, так и лично на бумажном носителе!

Это не угрозы, а предупреждения.

Настоящие угрозы, как их понимает закон, связаны с высказыванием намерений совершить убийство, нанести тяжкое телесное повреждение или уничтожить имущество путем путем поджога. Сравните с этим "суровый разговор", и "влияние на оценки". Не сопоставимо!

Суровая бывает нить, а суровый разговор — это метафора для обозначения стиля общения со сдержанной мимикой, повышенным тоном речи, обильным использованием глаголов в повелительном наклонении и т.д.

Это элементы авторитарного стиля общения. Предложите поменять на демократический.