Сожительница смахивает вину за нападение на меня и угрожает 306 статьей - в чем суть конфликта и как разрулить ситуацию?

Ерунду она полную несет. Тут важен сам факт того, что она нанесла вам ножевое. Это ей уголовная статья грозит, а не вам.

С уважением.

Пока нужно дождаться окончания проверки и решения полиции. В зависимости от собранного материала будет видно что делать дальше. Можете стать подозреваемым если сожительница докажет факт самообороны.

Вы писали заявление в ОМВД о краже паспорта в отношении? Даже если писали, в ваших действиях не будет заведомости написания ложного заявления, то есть вы заблуждались и думали, что паспорт украло неизвестное вам лицо. Состава преступления предусмотренного ст. 306 УК РФ здесь не будет по основаниям п. 2 ч. 1 ст. 24 УПК РФ. По поводу обращения в СМЭ зайдите к участковому и скажите, что у вас утерян паспорт, пусть сделает вам справку формы 6 вроде, если не ошибаюсь, данный документ удостоверит вашу личность и эксперт вас примет. Также стоить заметить, что если у вас покажет как среднюю тяжесть здоровью, то УД по заявлению не прекратишь и в отношении вашей сожительницы возбудят УД.

В отделе полиции, дали направление в судмедэкспертизу, но там мне отказали что нет паспорта.

Но по факту она утверждает что документ нашелся и будет добиваться дела о клевете. Если документ она вернула испугавшись уголовной статьи. То есть я могу забрать в присутствии участкового и прератиться из потерпевшего в обвиняемого?