Как разделить землю и доли дома между собственниками?

Нотариус не вправе требовать это

Идите к другому нотариусу.

А запись о праве общей долевой собственности на дом внесена в сведения ЕГРН (зарегистрировано)

Ну что тут рассуждать, не знаю в результате чего два лица приобрели доли в праве общей долевой собственности на жилой дом, построенный на земельном участке принадлежащем одному лицу, но согласно положениям статьи 35 Земельного кодекса: "При переходе права собственности на здание, сооружение, находящиеся на чужом земельном участке, к другому лицу оно приобретает право на использование соответствующей части земельного участка, занятой зданием, сооружением и необходимой для их использования, на тех же условиях и в том же объеме, что и прежний их собственник, а в случае перехода права собственности на здание, сооружение к нескольким собственникам порядок пользования земельным участком определяется с учетом долей в праве собственности на здание, сооружение или сложившегося порядка пользования земельным участком. А отчуждение участником долевой собственности доли в праве собственности на здание, сооружение или отчуждение собственником принадлежащих ему части здания, сооружения или помещения в них проводится вместе с отчуждением доли указанных лиц в праве собственности на земельный участок, на котором расположены здание, сооружение. Исходя из системного толкования упомянутых норм нотариус прав.

Добрый вечер, Екатерина.

Согласно разъяснений постановления Пленума ВС РФ от 29.05.2012 № 9 «О судебной практике по делам о наследовании» (п. 79) Вы можете распорядится принадлежащим Вам земельным участком по всей воле.