Последствия продажи дома и земельного участка от физических лиц родственников генерального директора - что произойдет с гарантией ООО?

Договор должен быть с собственником, а не ООО, он ни какого отношения не имеет.

Не совсем понятно, если собственник имущества физическое лицо, как можно заключить договор с лицом (юрлицом), не являющимся собственником. Возможно речь идет о предоставлении полномочий (доверенности) на совершение сделки от имени собственника. Уточните.

Из Вашего вопроса не понятно с кем Вы заключили договор купли-продажи - с юридическим (ООО) или физическим лицом. Договор купли-продажи может быть заключен только с непосредственным собственником дома и земельного участка, сведения о котором содержаться в Едином Государственном Реестре Недвижимости (ЕГРН). Соответственно, все обязательства по договору купли-продажи ложатся на собственника продаваемых объектов недвижимости (дом и земельный участок) и их покупателя. Какие-либо обязательства и гарантии, полученные от лица, которое не вправе распоряжаться имуществом, не имеют юридической силы.

Предоставление льгот по транспортному налогу носит заявительный характер. Соответственно, извещать о том, что вы являетесь льготником, никто не обязан. Вместе с тем, вы имеете право обратиться в налоговый орган с заявлением о том, что вы относитесь к льготной категории граждан, которая освобождена полностью или частично от уплаты транспортного налога (с приложением документов, подтверждающих наличие льготы). Налоговый орган, на основании данного заявления, освободит вас от уплаты транспортного налога. Кроме того, отдельным заявлением в налоговый орган вы можете потребовать возврата уже уплаченного транспортного налога или перенаправлении его на другие обязательные выплаты. В случае, если налоговый орган отказывает в удовлетворении вашего требования, данный отказ может быть обжалован в Управление ФНС по региону, Прокуратуру и суд.