Возможно узаконить мансарду в многоквартирном жилом доме, если превышена высота здания.

А разрешение на реконструкцию Вы получали? Любое отклонение от проектной документации может служить основанием для отказа в принятии произведенной реконструкции. Однозначно ответить Вам сложно, поскольку нет конкретных данных о наличии у Вас пакета документов. Да и в суде сейчас сложно с признанием самовольных реконструкций - мэрия, как правило, категорично высказывается против.

Предельная высота жилой застройки, равно как и этажность МКД устанавливается действующими в муниципальном образовании правилами землепользования и застройки (ПЗЗ) применительно к той территориальной зоне, в которой расположен этот дом. Вероятно не высота а этажность дома повиляла на то, что у вас возникли проблемы с узакониванием реконструкции дома, так как появился в доме ещё этаж и дом теперь этажностью стал на один больше чем предусмотрено ПЗЗ для данной территориальной зоны. На чём основано ваше утверждение, что превышена высота здания. Так высота или этажность превышена, а это разные вещи. В конце концов есть процедура внесения изменений в ПЗЗ, она не такая простая и быстрая и находится в исключительной компетенции Правительства Калининградской области и лично Губернатора области, который подписывает постановление о внесение изменений в ПЗЗ. Как-то, так. Более подробно и достоверно по вашей проблеме можно высказаться только если знать конкретно вашу ситуацию и адрес вашего дома, а также ряд других важных обстоятельств.