Неузаконенная перепланировка при продаже квартиры - что делать?

А изначально разрешение/согласование на перепланировку было получено? Или просто сделали и никуда не обращались ни до проведения ни после? Согласно ст. 26 ЖК РФ:

1. Переустройство и (или) перепланировка помещения в многоквартирном доме проводятся с соблюдением требований законодательства по согласованию с органом местного самоуправления (далее — орган, осуществляющий согласование) на основании принятого им решения. Тогда Вам стоит обратиться в организацию, которая Вам сможет подготовить проект, который требуется в соответствии с вышеуказанной ст. ЖК РФ:

3) подготовленный и оформленный в установленном порядке проект переустройства и (или) перепланировки переустраиваемого и (или) перепланируемого помещения в многоквартирном доме, а если переустройство и (или) перепланировка помещения в многоквартирном доме невозможны без присоединения к данному помещению части общего имущества в многоквартирном доме, также протокол общего собрания собственников помещений в многоквартирном доме о согласии всех собственников помещений в многоквартирном доме на такие переустройство и (или) перепланировку помещения в многоквартирном доме, предусмотренном частью 2 статьи 40 настоящего Кодекса;

После с проектом, правоустанавливающими документами на квартиру, технической документацией обратиться в администрацию за согласованием уже проведенной перепланировки. Если всё устроит и будет верно, то перепланировку согласуют, либо попросят внести изменения в проект или в саму перепланировку для согласования.

Делайте проект и получайте разрешение в отделе архитектуры и градостроительства.