Какая зарплата учитывается при расчете больничного листа, до вычета подоходного налога или после вычета.

Любой расчет ведется с начисленной суммы, если Вы это имеете в виду.

Т.е. те же самые больничные или отпускные считаются по среднему заработку, который исчисляется делением некой суммы, начисленной за расчетный период, на некое количество дней (для начисления отпускных - это одна сумма и один расчетный период, для начисления больничных - это другой расчетный период и другая сумма). Но в любом случае ВСЕГДА берется сумма начисленной заработной платы, а не за минусом каких-либо удержаний (НДФЛ ли это, либо удержания по исполнительным листам и т.п).

Статья 14. Порядок исчисления пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячного пособия по уходу за ребенком

1. Пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячное пособие по уходу за ребенком исчисляются исходя из среднего заработка застрахованного лица, рассчитанного за два календарных года, предшествующих году наступления временной нетрудоспособности, отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком, в том числе за время работы (службы, иной деятельности) у другого страхователя...

2. В средний заработок, исходя из которого исчисляются пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячное пособие по уходу за ребенком, включаются все виды выплат и иных вознаграждений в пользу застрахованного лица, на которые начислены страховые взносы в Фонд социального страхования Российской Федерации...

В данном случае слово выплата - это именно начислено, а не то, что работником именно получено как чистый доход, потому как если работнику начислен оклад 30000 рублей, значит, страховые взносы начислены именно на 30000 рублей, соответственно, к расчету по среднему заработку принимается именно эта сумма, а не 30000-13%.