Как оформить выплату в декрете, если превышен прожиточный минимум по НДФЛ?

Как почему? По закону.

Федеральный закон от 28.12.2017 N 418-ФЗ "О ежемесячных выплатах семьям, имеющим детей", статья 4.

1. При расчете среднедушевого дохода семьи для назначения ежемесячной выплаты в связи с рождением (усыновлением) первого или второго ребенка учитываются следующие доходы семьи, полученные в денежной форме:

1) вознаграждение за выполнение трудовых или иных обязанностей, включая выплаты компенсационного и стимулирующего характера, вознаграждение за выполненную работу, оказанную услугу, совершение действия в Российской Федерации. При этом вознаграждение директоров и иные аналогичные выплаты, получаемые членами органа управления организации (совета директоров или иного подобного органа) - налогового резидента Российской Федерации, местом нахождения (управления) которой является Российская Федерация, рассматриваются как доходы, полученные от источников в Российской Федерации, независимо от места, где фактически исполнялись возложенные на этих лиц управленческие обязанности или откуда производились выплаты указанных вознаграждений;

2) пенсии, пособия, стипендии и иные аналогичные выплаты, полученные гражданином в соответствии с законодательством Российской Федерации и (или) законодательством субъекта Российской Федерации или полученные от иностранной организации в связи с деятельностью ее обособленного подразделения в Российской Федерации;

3) выплаты правопреемникам умерших застрахованных лиц в случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации об обязательном пенсионном страховании;

4) компенсация, выплачиваемая государственным органом или общественным объединением за время исполнения государственных или общественных обязанностей;

5) денежное довольствие (денежное содержание) военнослужащих, сотрудников органов внутренних дел Российской Федерации, учреждений и органов уголовно-исполнительной системы, органов принудительного исполнения Российской Федерации, таможенных органов Российской Федерации и других органов, в которых законодательством Российской Федерации предусмотрено прохождение федеральной государственной службы, связанной с правоохранительной деятельностью, а также дополнительные выплаты, имеющие постоянный характер, и продовольственное обеспечение (денежная компенсация взамен продовольственного пайка), установленные законодательством Российской Федерации.

Удачи.