Как распределить ответственность при доверенности на учредителя компании во время командировки генерального директора?

Лицо которое фактически руководить. В данном случае поверенный.

Передать учредителю ВСЕ полномочия по деятельности предприятия просто нельзя. Статус генерального директора определен ГК РФ и Федеральными законами от 08.02.1998 N 14-ФЗ "Об обществах с ограниченной ответственностью" (ред. от 27.12.2009) и от 26.12.1995 N 208-ФЗ "Об акционерных обществах" (ред. от 27.12.2009).

Делегировать полномочия в указанном Вами объеме директор не может самостоятельно и по собственной инициативе, только на основании решения учредителя/учредителей. У вас есть решение единственного участника?

Также отдельные полномочия единоличного исполнительного органа не могут передаваться другим лицам в силу закона. Так, например, в соответствии с пп. "а" п. 1.3 ст. 9 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" при государственной регистрации юридических лиц заявителем может выступать исключительно руководитель постоянно действующего исполнительного органа регистрируемого юридического лица или иное лицо, имеющие право без доверенности действовать от имени этого юридического лица. К исключительной компетенции руководителя организации отнесено законом и полномочие утверждать перечень лиц, имеющих право подписи первичных учетных документов (п. 3 ст. 9 Федерального закона от 21.11.1996 N 129-ФЗ "О бухгалтерском учете"). Поэтому в полном объеме полномочия единоличного исполнительного органа не могут быть переданы по доверенности другому лицу.