Какой налог должен платить собственник при продаже квартиры по генеральной доверенности и одновременной покупке другого жилья?

Это так. В случае продажи квартиры по доверенности, Вы действуете от имени собственника.

Вы продали квартиру, находящуюся в Вашей собственности меньше 3 лет, а затем купили другую. В этом случае Вы должны уплатить налог на доходы физических лиц (НДФЛ), а также Вы можете получить налоговый вычет при покупке (максимально 2 млн. рублей). Если обе сделки осуществлены в одном календарном году, то Вы можете просуммировать оба налоговых вычета при продаже и при покупке (2 млн.) согласно Письма Минфина России от 30 декабря 2011 № 03-04-05/1-1135.

например, вы продали квартиру за 3 млн. рублей и купили другую за 4млн. Обе сделки прошли в 2012 году. Продавец вправе уменьшить налогооблагаемую базу на 1 млн. рублей, а также добавить налоговый вычет (2 млн.) при покупке. Тогда взаимозачет налога при продаже и покупке квартиры будет выглядеть так:

((3 млн. – (1млн. + 2 млн.))*13% = 0.

Если же сделки по продаже и покупке прошли в различных налоговых периодах (продал в декабре 2012г., купил в январе 2013г.), то описанный выше взаимозачет налогов не применяется. В таком случае необходимо подавать две разные декларации в двух разных годах (2013г. и 2014г. соответственно). При этом продавец обязан полностью уплатить налог с продажи квартиры в 2013 году. А как покупатель получить возврат НДФЛ возможно только начиная с 2014 года (у работодателя) или в 2015 году (в налоговой по итогу 2014 года).