Т.е. на момент подачи декларации сумма НДС была уплачена в полном размере, а пени были уплачены позже.

Увы, имеет. Не выполнено условие, освобождающее от ответственности, как Вы правильно указали. Закон требует уплаты как налога, так и пени до момента подачи заявления.

Может, стоит попробовать уменьшить размер штрафа в суде.

Информационное письмо Президиума Высшего Арбитражного Суда РФ от 17 марта 2003 г. N 71

"Обзор практики разрешения арбитражными судами дел, связанных с применением отдельных положений части первой Налогового кодекса Российской Федерации"

" 17. При рассмотрении заявления налогового органа о взыскании с налогоплательщика штрафа, предусмотренного пунктом 1 статьи 122 НК РФ, суд исходя из конкретных обстоятельств дела на основании статей 112 и 114 Кодекса уменьшил размер штрафа, призвав самостоятельное выявление и исправление налогоплательщиком ошибок в налоговой декларации и подачу в налоговый орган заявления о ее дополнении и изменении смягчающим ответственность обстоятельством.

Налоговый орган обратился в арбитражный суд с заявлением о взыскании с акционерного общества штрафа, предусмотренного пунктом 1 статьи 122 НК РФ.

В обоснование своего требования налоговый орган сослался на то, что общество (налогоплательщик), хотя и самостоятельно выявило ошибки в представленной налоговой декларации по налогу на прибыль, а также предъявило исправленный расчет названного налога, однако не уплатило доначисленную сумму налога и соответствующие ей пени. Это в соответствии с пунктом 4 статьи 81 Кодекса является необходимым условием для освобождения налогоплательщика от ответственности.

Ответчик просил суд при принятии решения учесть, что он добровольно, самостоятельно исправил допущенные ошибки и представил в налоговый орган надлежащую декларацию.

При рассмотрении заявления суд отметил следующее.

Как видно из материалов дела, единственным поводом для принятия налоговым органом решения о привлечении общества (ответчика) к ответственности за неполную уплату налога в результате занижения налоговой базы послужило получение от общества дополнительного (исправленного) расчета налога на прибыль.

Выездная налоговая проверка в отношении ответчика не назначалась. Каких-либо доказательств получения соответствующей информации из иных источников до момента подачи налогоплательщиком исправленного расчета заявитель не представил.

Таким образом, в данном случае ответчик без какого-либо принуждения или иного внешнего воздействия исполнил обязанность по внесению дополнений и изменений в налоговую декларацию в связи с обнаружением в ней неточностей и ошибок, предусмотренную пунктом 1 статьи 81 НК РФ.

Непринятие во внимание этих обстоятельств при решении вопроса о размере штрафа может способствовать уклонению налогоплательщиков от исполнения указанной выше обязанности в надежде, что ошибки налоговым органом не будут обнаружены.

Учитывая изложенное, руководствуясь подпунктом 3 пункта 1 статьи 112 НК РФ и исходя из обстоятельств данного дела, суд признал самостоятельное выявление и исправление налогоплательщиком ошибок в налоговой декларации и подачу в налоговый орган заявления о ее дополнении и изменении смягчающим ответственность обстоятельством.

Согласно пункту 3 статьи 114 НК РФ при наличии хотя бы одного смягчающего ответственность обстоятельства размер штрафа подлежит уменьшению не меньше, чем в два раза по сравнению с размером, установленным соответствующей статьей главы 16 Кодекса за совершение налогового правонарушения.

Учитывая конкретные обстоятельства данного дела, суд снизил размер штрафа.

Суд апелляционной инстанции оставил решение в силе".