Сын прописан с нами, но живет с новой семьей - как регулировать встречи и ночевки?

Если сын несовершеннолетний, то это нормальная ситуация - что живёт с мамой, а прописан у отца (или наоборот).

Если есть необходимость ходить в школу, получать пособия и т.п., то можете зарегистрировать по месту жительства матери на временной или постоянной основе. Для получения медицинских услуг для граждан РФ на территории РФ прописка по месту прикрепления к поликлинике не требуется.

Если Вы с женой развелись, и хотите выписать своего сына к своей бывшей жене по месту фактического проживания, а бывшая супруга против, то Вам необходимо обратиться в суд об определении места проживания несовершеннолетнего (доказав документами, свидетельскими показаниями, что сын ходит в школу, поликлинику по месту жительства матери, а к Вам приезжает только на каникулы).

Согласно ст.9 Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации (утв. постановлением Правительства РФ от 17 июля 1995 г. N 713)

"....Граждане, прибывшие для временного проживания в жилых помещениях, не являющихся их местом жительства, на срок свыше 90 дней, обязаны по истечении указанного срока обратиться к должностным лицам, ответственным за регистрацию..."

Таким образом Ваш сын может гостить до 90 суток без оформления временной регистрации (прописки). В Вашем случае никто не будет бегать за Вашим сыном и следить за тем, сколько он живёт в том или ином месте (тем более сын живёт в одном и том же городе). Человек может 89 дней жить не по месту своей постоянной регистрации, вернуться на один день домой и срок в 90 дней начинает течь заново. Фактически, если сыну не нужна временная регистрация, то он её спокойно может не делать и никто его за это не оштрафует.