Попытку мошенничества переделали в оконченный состав. Ущерба не было, но появился. Как это возможно?

Вполне может быть,, соглашение, по тексту - подписано до возобновления дела и наличия иных лиц, поэтому ссылаться на него следует весьма осторожно, оно явно относится к части, выявленной на тот момент.

подтверждал отсутствие претензий.

их отсутствие не значит, что ущерба не было.

Если человек не желал на тот момент предъявлять иск о взыскании это его право или например, получил возмещение не полностью и был с этим согласен, но это не исключает самого факта ущерба в ином размере.

Правоохранители могут написать все, что угодно, если видят основания.

НУжно разбираться и изучать материалы доследственной проверки, чтоб понять ситуацию.

Нужно нанимать адвоката, чтоб он уже конкретно занимался этим вопросом,тогда вы будете получать ответы на все вопросы. Особенно, если вы - сторона защиты

Само по себе такое соглашение (А с потерпевшим) не может являться безусловным доказательством наличия ущерба для потерпевшего и в любом случае данное обстоятельство подлежит проверке и оценке. Равно как и наложение арестов в рамках статьи 115 УПК РФ само по себе ещё не предрешает выводов о виновности обвиняемых. Что касается того, как это возможно - нет конкретики в вопросе, ибо следователь оценивает доказательства по своему внутреннему убеждению, а право окончательной оценки доказательств принадлежит только суду. В любом случае, у Вас же должен быть адвокат, который владеет бóльшим объёмом информации по делу и практикой - Вы бы с ним и консультировались, это было бы продуктивно, а давать советы по уголовному делу, каждое из которых индивидуально, не читая даже собственно обвинения в его актуальной редакции - признак непрофессионального подхода, поэтому на этом я вынужден и закончить.

Представленных автором документов (ответ на досудебную претензию № 137 от 21.06.2021г. и соглашение о возмещении имущественного вреда, причиненного совершением преступления от 3 сентября 2019 года), не достаточно для правовой оценки возобновления производства по уголовному делу ввиду новых открывшихся обстоятельств. С учетом этого, а также принимая во внимание, что «… потерпевший не может объяснить, как появился ущерб … в реальности он действительно ничего никуда не перечислял…», ответить на ваш «вопрос» практически невозможно.